1999年3月，响应政府政策，加入药害救剂制度。2000年9月，为提升整体生产效率、品质及研发水准，以早日达到行政院卫生署规定cGMP药品优良制造确效标准，于本年第三季前完成工厂改建及增建工程。2000年10月，依89.12.16证期会（89）台财证（一）第99030号函核准为公开发行公司。2001年9月，公司名称「宝龄富锦制药厂股份有限公司」更名为「宝龄富锦生技股份有限公司」。2002年7月，肾脏新药-1681专案取得经济部业界开发产业技术计划补助2,050万元；同年9月，肾脏新药-1681获美国食品药物管理局核准拥有试验中新药所有权（SponsorofIND）；11月与中山医学大学建教合作，研发脸部皮肤保养系列等功能性化妆品之主要原料（原始菌种之培育等），再由公司负责产品之处方设计、生产及行销，此不仅可符合未来多元性市场之需求，更可创造附加价值更高之营业利基。2003年2月，肾脏新药-1681申请美国合成方法专利；4月肾脏新药-1681申请美国新合成物专利；7月已完成行政院卫生署药物食品检验局cGMP第二阶段确效作业。2003年11月，自制药用化妆品NewSkinKinetinCream凯茵庭青春泉还原霜获国家生技医疗品质奖。
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